Zgodnie z wymogami prawa europejskiego realizacja niektórych przedsięwzięć uzależniona jest od przeprowadzenia oceny ich oddziaływania na środowisko. W Polsce ocena ta przeprowadzana jest najczęściej w ramach postępowania w sprawie wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach zwanej potocznie decyzją środowiskową. Decyzja ta może również stwierdzać brak konieczności przeprowadzenia oceny oddziaływania na środowisko. Istnieją zatem dwa warianty decyzji środowiskowej.
Decyzja środowiskowa jak każda decyzja administracyjna, powinna spełniać wymogi przewidziane w art. 107 § 1 kodeksu postępowania administracyjnego (k.p.a.). Z kolei przepisy ustawy o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w jego ochronie oraz o ocenach oddziaływania na środowisko (dalej: „ustawa o ocenach”) wskazują na dodatkowe elementy, które muszą lub mogą znaleźć się w tej decyzji. Gdy została przeprowadzona ocena oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko (pierwszy wariant decyzji) decyzja musi określać rodzaj i miejsce realizacji przedsięwzięcia, warunki wykorzystywania terenu oraz wymagania dotyczące ochrony środowiska konieczne do uwzględnienia w dokumentacji wymaganej do wydania decyzji końcowej. W zależności od sytuacji decyzja ta będzie zawierać również inne elementy np. określenie wymogów w zakresie przeciwdziałania skutkom awarii przemysłowych, nałożenie obowiązku wykonania kompensacji przyrodniczej czy obowiązku działań polegających na zapobieganiu, ograniczaniu oraz monitorowaniu oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko.
Ponadto, organ wydający decyzję będzie musiał przedstawić i uzasadnić swoje stanowisko w sprawie konieczności przeprowadzenia ponownej oceny oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko; ponowna ocena może być przeprowadzana w ramach postępowania w sprawie wydawania decyzji końcowych warunkujących realizację inwestycji (m.in. decyzji o pozwoleniu na budowę), zgodnie z przepisami art. 88 i n.. Ustawa wskazuje wprawdzie okoliczności, które organ musi wziąć pod uwagę stwierdzając konieczność przeprowadzenia ponownej oceny, lista ta nie jest jednak zamknięta. Należy podkreślić, że zgodnie z zamierzeniem ustawodawcy, przeprowadzenie powtórnej oceny ma być wyjątkiem; w przeciwnym razie pod znakiem zapytania należałoby postawić wydawanie decyzji środowiskowych.
Obligatoryjnym element decyzji jest również uzasadnienie, które poza ogólnymi wymogami wynikającymi z kodeksu postępowania administracyjnego powinno zawierać dodatkowe informacje m.in. w zakresie sposobu wykorzystania uwag i wniosków zgłoszonych w ramach postępowania z udziałem społeczeństwa. Integralną część decyzji środowiskowej jest jej załącznik w postaci charakterystyki przedsięwzięcia. Fakultatywnym elementem decyzji jest natomiast nałożenie na wnioskodawcę obowiązku przedstawienia analizy porealizacyjnej, w ramach której dokonuje się porównania ustaleń zawartych w raporcie i samej decyzji z rzeczywistym oddziaływaniem przedsięwzięcia na środowisko i działaniami podjętymi dla jego ograniczenia.
Powyższe elementy przewidziane są jedynie dla pierwszego wariantu decyzji środowiskowej. Inne elementy będzie zawierać drugi wariant decyzji tj. gdy nie została przeprowadzona ocena oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko. Organ stwierdza wówczas w decyzji brak potrzeby przeprowadzenia oceny a w uzasadnieniu informuje o uwarunkowaniach, które zgodnie z przepisami ustawy, musiał uwzględnić dokonując takiego stwierdzenia. Załącznikiem decyzji będzie zaś charakterystyka i karta informacyjna przedsięwzięcia. Oczywiście również w swoim drugim wariancie decyzja środowiskowa musi spełniać wymogi art. 107 § 1 k.p.a.
Decyzja środowiskowa wydawana jest przed uzyskaniem przez inwestora decyzji wymienionych w art. 72 ust. 1 ustawy o ocenach (tzw. decyzje inwestycyjne). Przepis ten wymienia m.in. decyzję o pozwoleniu na budowę oraz decyzję o warunkach zabudowy i zagospodarowaniu terenu. Często zdarza się, że inwestor uzyskuje decyzję o pozwoleniu na budowę w oparciu o uprzednio uzyskaną decyzję o warunkach zabudowy i zagospodarowaniu terenu; dzieje się tak w razie braku uchwalenia miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego. W takiej sytuacji wydawana jest jedna decyzja środowiskowa – przed uzyskaniem decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowaniu terenu.
Zgodnie natomiast z art. 72 ust. 7 ustawy o ocenach, jeżeli przedsięwzięcie, dla którego została wydana decyzja o środowiskowych uwarunkowaniach, lub jedna z decyzji inwestycyjnych, może znacząco negatywnie oddziaływać na obszar Natura 2000, wyznaczony po dniu wydania tych decyzji, uprawniony podmiot powinien złożyć, wniosek o wydanie decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach w zakresie oddziaływania na obszar Natura 2000. Na tle tego przepisu pojawia się kilka wątpliwości interpretacyjnych. Po pierwsze, ustawa nie wskazuje, co należy rozumieć przez „wyznaczenie” obszaru Natura 2000. Choć można argumentować, ze chodzi tu o moment uzyskania zgody Rady Ministrów przez Ministra Ochrony Środowiska na projekt listy albo o chwilę przekazania do Komisji Europejskiej projektu listy obszarów w ramach sieci, to jednak właściwym jest przyjęcie, że ustawa wskazuje na zatwierdzenie listy obszarów przez Komisję Europejską. Po drugie, należy przyjąć, że przez „wydanie” wspomnianych decyzji rozumie się nie moment wydania decyzji przez organ pierwszej instancji (chyba że nadano jej rygor natychmiastowej wykonalności, na podstawie art. 108 k.p.a.), lecz chwilę, w której decyzja stała się ostateczna w administracyjnym toku instancji. Po trzecie, za niezbyt szczęśliwe należy uznać ustanowienie obowiązku wystąpienia po ponowną decyzję środowiskową, w przypadkach gdy przedsięwzięcie może znacząco negatywnie oddziaływać na obszar Natura 2000. W takich sytuacjach przecież, zgodnie z art. 33 ustawy o ochronie przyrody, nie jest możliwym wydanie zgody (z pewnymi wyjątkami) na realizację inwestycji. Trudno powiedzieć, jaki charakter i treść miałaby mieć ponowna decyzja w zakresie oddziaływania na obszar Natura 2000. Ponadto wnioskodawca nie jest kompetentny do ustalenia negatywnego wpływu przedsięwzięcia. Wydawać by się więc mogło, że omawiany obowiązek powstaje już przy zaistnieniu znaczącego wpływu na obszar, zaś jego negatywny charakter stwierdzany będzie przez organ po przeprowadzeniu postępowania. Na koniec, należy wskazać, że w przypadku uchwalenia poselskiego projektu zmiany ustawy o ocenie wniesionego w dniu 9.9.2009 r. omawiany przepis utraci moc. Z uzasadnienia projektu wynika, że do czasu wejścia w życie tej zmiany wszystkie obszary Natura 2000 zostaną już wyznaczone.